1959年02月27日-03月05日中共中央在郑州举行政治局扩大会议（即第二次郑州会议）。会议的主题是人民公社问题。毛泽东指出，“我们在生产关系的改进方面，即是说，在公社所有制问题方面，前进得过远了一点”，造成同农民关系的紧张状态，必须纠正“平均主义倾向和过分集中倾向”，并强调不允许“无偿占有别人劳动成果”。毛泽东又指出，价值法则是客观存在的经济法则，我们对于社会产品，只能实行等价交换，不能实行无偿占有。会议要求公社在统一分配上，承认队与队、社员与社员收入之间的合理差别；在体制上，实行权力下放，三级管理，三级核算，以队（大体相当原高级农业生产合作社，有的地方是生产队，有的地方是生产大队或管理区）为基础；并规定在清理“共产风”问题时，旧账一般不算。会议下发了《郑州会议记录》。

03月30日，毛泽东在一个批示中指出，旧账还是要算，“算账才能实行那个客观存在的价值法则，这个法则是一个伟大的学校，只有利用它，才有可能教会我们的几千万干部和几万万人民，才有可能建设我们的社会主义和共产主义。否则一切都不可能”。

03月25日-04月05日中共中央在上海先后召开政治局扩大会议（03月25日至04月01日）和八届七中全会（04月02日至05日）。两个会议的内容主要是讨论人民公社整顿和1959年国民经济计划草案。全会检查了人民公社的整顿工作，通过《关于人民公社的十八个问题》（即中共中央政治局1959年04月上海会议纪要）。纪要规定“生产小队也应有当部分的所有制和一定的管理权限”；决定“旧账”都要算，要退赔。全会还通过《1959年国民经济计划草案》和《关于国家机构和人事配备的方案》。会上毛泽东作关于工作方法问题的讲话，强调权力要集中在政治局常委、中央书记处，由他挂帅；还提倡学习“海瑞精神”。

04月18日-28日第二届全国人民代表大会第一次会议在北京举行。大会选举刘少奇为中华人民共和国主席，宋庆龄、董必武为副主席，朱德为全国人民代表大会常务委员会委员长，并决定周恩来继续担任中华人民共和国国务院总理。大会审议批准国务院根据中共中央建议提出的1959年度国民经济计划。计划规定钢产量为1800万吨，粮食产量为10500亿斤。会议还通过《关于西藏问题的决议》、《关于撤销司法部、监察部的决议》。同时，中国人民政治协商会议第三届全国委员会第一次全体会议也在北京举行。会议选举毛泽东为政治协商会议第三届全国委员会名誉主席，周恩来为主席。

06月13日中共中央发出《关于调整1959年主要物资分配和基本建设计划的紧急指示》。指示降低了钢及其他产品的计划指标，钢产量为1300万吨。早在三四月间中央政治局上海会议之后，毛泽东认为钢的指标仍然偏高，委托陈云进一步落实；0４月底，中央书记处又责成中央财经小组研究钢铁生产的可靠指标。经过系统周密的调查研究，陈云于0５月提出钢的生产指标应降到1300万吨，中央采纳了的建议。

07月01日《人民日报》发表由毛泽东起草的社论《文汇报的资产阶级方向应当批判》，社论认为，资产阶级右派就是“反共反人民反社会主义的资产阶级反动派”，他们的方针是“整垮共产党，造成天下大乱，以便取而代之”。这篇社论是反右派斗争进一步升级的标志。

09月16日中共中央、国务院做出《关于确实表现改好了的右派分子的处理问题的决定》，要求：“凡是已经改恶从善，并在言论和行动上表现出确实是改好了的右派分子，对于这些人，今后不再当作资产阶级右派分子看待，即摘掉他们的右派帽子。”09月17日，中共中央发出《关于摘掉确实悔改的右派分子的帽子的指示》，决定在庆祝建国十周年时，摘掉一批右派分子的帽子，并准备继续分期分批做这一工作。中华人民共和国主席发布命令：根据中华人民共和国第二届全国人民代表大会常务委员会第九次会议的决定，任命林彪兼任国防部长，免去彭德怀兼任的国防部长的职务和黄克诚的中国人民解放军总参谋长的职务。从这时起，林彪开始主持中共中央军委的工作。全国人大常委会举行第九次会议，讨论中共中央主席毛泽东的建议，决定在庆祝中华人民共和国成立十周年时，对经过一定期间劳动改造、确实已经改恶从善的蒋介石集团和伪满洲国的战争罪犯、反革命罪犯和普通刑事罪犯，实行特赦。同日，刘少奇根据全国人大常委会的决定，发布《中华人民共和国主席特赦令》。

12月08日中共中央宣传部召开全国文化工作会议。